Per definire un CRS, selezionare <label>CRS personalizzato</label> dal menu <label>Modifica</label> (Gnome, OSX) oppure <label>Impostazioni</label> (KDE, Windows). I CRS personalizzati vengono memorizzati nel database QGIS dell'utente. In aggiunta ai CRS personalizzati, questo database contiene i segnalibri spaziali e altri dati personalizzati.
La definizione di un CRS personalizzato in QGIS richiede una buona conoscenza delle librerie di proiezione Proj.4. Per inziare fare riferimento a <a href="ftp://ftp.remotesensing.org/proj/OF90-284.pdf">Cartographic Projection Procedures for the UNIX Environment</a> - Una guida utente di Gerald I. Evenden, U.S. Geological Survey Open-File Report 90-284, 1990. Questo manuale descrive l'uso delle <i>proj.4</i> e relativi tool da riga di comando. I parametri cartografici usati con le librerie <i>proj.4</i> sono descritti nel manuale utente, e sono gli stessi usati da QGIS.